广西都安澄江国家湿地公园的沉水植物群落类型多样化程度在广西各地是首屈一指的，类型数约占广西已知沉水植物群落类型的50%，具有非常重要的科研监测及典型植物定位研究的科研价值。尤其是分布着目前已知广西境内现存规模最大的海菜花群落，在总长 30 多 km 的澄江河段均有分布，且发育良好。较大面积以广西隐棒花为优势的沉水植物群落，也是别处所罕见的。沉水植物型包括金鱼藻、狐尾藻、海菜花、石龙尾、黑藻、苦草、菹草、竹叶眼子菜、尖叶眼子菜、小茨藻、广西隐棒花等 11 个群系。